Biegunkę u dzieci mogą powodować:

• Zakażenia przewodu pokarmowego
  - Wirusowe np. Rotawirusy, Adenowirusy
  - Bakteryjne np. Escherichia coli (patogenna), Clostridium difficile, Salmonella
  - Pasożytnicze np. Giardia Lamblia
  - Grzybicze
• Zatrucia pokarmowe (spożycie żywności zanieczyszczonej toksynami produkowanymi przez niektóre drobnoustroje patogenne),
• Stosowanie antybiotyków,
• Alergia na pokarmy,
• Choroby prowadzące do zaburzeń wchłaniania z przewodu pokarmowego np. celiakia,
• Przewlekłe choroby zapalne jelit np. Choroba Leśniowskiego-Crohna,
• Zespół jelita drażliwego (choroba czynnościowa przewodu pokarmowego),
• Niektóre leki np. leki przeczyszczające, pobudzające motorykę jelit,
• Zaburzenia hormonalne np. nadczynność tarczycy,
• Leczenie operacyjne prowadzące do usunięcia części żołądka lub fragmentu jelit.